Приток воды составил 426 кубометров в секунду, расход воды составил 219 кубометров в секунду.

При этой ГЭС создано водохранилище суточного регулирования объемом 70 млн кубометров и располагается на реке Нарын выше Токтогульского водохранилища. Полезная емкость для суточного регулирования составляет 7,5 млн кубометров с пределом регулирования от max до min уровня 2,5 метра.

Нагрузка на гидроагрегаты регулируется от 60 Мвт до 120 Мвт в зависимости от величины водотока в реке и графика электропотребления в Токтогульском роторе. Режим работы Камбар-Атинской ГЭС-2 установлен аналогично режимам Курпсайской, Ташкумырской, Шамалдысайской, Учкурганской и Атбашинской гидроэлектростанций.